Bồ Đề hiện nay là một phường thuộc quận Long Biên, thành phố Hà Nội. Sở dĩ gọi là “Bồ Đề” vì xa xưa trong làng có hai cây bồ đề cao, nổi bật giữa những làng quê ven sông Hồng, ngang đỉnh tháp chùa Báo Thiên ở trong Kinh thành Thăng Long ở bên kia sông.
Chùa có tên chữ là Thiên Sơn Tự. Trên tấm bia cổ dựng năm Hoằng Định thứ 15 (1614) đời Lê Kính Tông có chép lại việc dựng lại chùa và ghi rõ “đại công đức Bồ Đề” của vua Lê Thái Tổ. Chùa chỉ còn tòa thượng 5 gian xây đượng dựng trên nền cao với kiến trúc bề thế, cổ kính. Đây là một ngôi chùa danh cho sư nữ và cũng là mái ấm tình thương đùm bọc, cưu mang trẻ mồ côi.
Tương truyền, chùa được xây trên nền đất cũ của dinh Bồ Đề, là nơi vua Lê Lợi đã cư ngụ khi vua bao vây thành Đông Quan năm 1472. Các tài liệu lịch sử còn ghi lại là: "Vua làm lầu nhiều tầng ở dinh Bồ Đề trên bờ sông Lô, cao bằng tháp Báo Thiên, hàng ngày ngự trên lầu quan sát vào trong thành xem giặc làm gì". Dinh được gọi tên là dinh Bồ Đề vì lúc ấy trong khuôn viên có hai cây bồ đề to.
Tuy nhiên, cũng có nhiều ý kiến cho rằng chùa được xây từ cuối đời nhà Trần, trên một gò đất cao gọi là Núi Trời (nên còn có tên gọi là Thiên Sơn). Sau này, do bị chiến tranh tàn phá nên năm 1614, chùa được trùng tu tôn tạo trên nền chùa cũ và công đức khắc in vào hai quyển Pháp Hoa kinh để lưu hành. Đến giữa thế kỉ 18, chùa lại tiếp tục bị chiến tranh huỷ hoại.
Năm Giáp Tuất đời Tự Đức 27 (1874), đại sư Thích Nguyên Biểu, tự hiệu Nhất Thiết đại sư (1835 - 1906) đến trụ trì và ngài đã trùng tu, tôn tạo trên nền ngôi chùa cũ gồm thượng điện rộng 5 gian, cho thỉnh thêm tượng Phật mới, chùa Hộ, nhà Thiêu hương, nhà Pháp bảo và cổng Tam quan.
Đầu thế kỉ 20, chùa Bồ Đề trở thành trung tâm đào tạo tăng ni của thành phố Hà Nội, trực thuộc Giáo hội Phật giáo Việt Nam do Hoà thượng Thích Trí Hải đảm trách. Năm 1946, Pháp trở lại gây chiến, trung tâm này đã dời đi nơi khác.
Năm 1951, tại Hà Nội đã xảy ra trận lụt lớn, chùa bị sạt lở nghiêm trọng chỉ còn giữ lại được toà thượng điện. Năm 1971, chùa một lần nữa được trùng tu như gia cố lại toàn bộ thượng điện và xây dựng lại hậu cung phía sau, nâng cao nền chùa. Năm 1986, nhà Tổ được trùng tu, hậu liêu, nhà khách, nhà Tăng, nhà bếp cũng như khu vực nhà ở của hơn 50 cô nhi cũng được xây dựng. Năm 1999, chùa tiếp tục xây lầu bát giác và tôn trí tượng Bồ Tát Quan Thế Âm cao 3,2m.
Hiện nay, chùa là mái ấm tình thương dành cho các em bé mồ côi, cơ nhỡ, đồng thời cũng là điểm tham quan thu hút nhiều du khách trong và ngoài nước.
Tới với chùa Bồ Đề, du khách và Phật tử không chỉ trải nghiệm không khí linh thiêng của xứ phật mà còn cảm nhận được cái ấm áp của tình thương và lòng người. Nếu có dịp đi tham quan làng cổ Bát Tràng, du khách có thể ghé thăm chùa Bồ Đề để có những phút giây thư thái, tránh xa những xô bồ, náo nhiệt chốn thị thành.