Năm 1923, hai năm trước khi ông qua đời, tiến sĩ Tôn Trung Sơn- người sáng lập ra Trung Hoa Dân Quốc, đã thành lập hai trường Đại Học: trường đại học dân sự là Đại học Quốc gia Kwangtung (đổi tên thành Đại học Quốc gia Tôn Trung Sơn vào năm 1926), và Học viện Quân sự Whampoa. Cả hai trường đã có những đóng góp quan trọng trong quá trình phát triển giáo dục và đào tạo nhân tài của đất nước. Đại học Quốc gia Tôn Trung Sơn được thành lập đầu tiên ở Quảng Đông, sau đó chuyển tới Vân Nam do ảnh hưởng của chiến tranh Trung-Nhật. Sau khi chiến tranh kết thúc, trường chuyển về lại Quảng Đông. Năm 1949, chính phủ Trung Hoa Dân Quốc chuyển đến Đài Loan. Các cựu sinh viên của trường mong muốn Đại học Quốc gia Tôn Trung Sơn sẽ được thành lập lại ở Đài Loan nhưng điều đó đã không xảy ra cho đến năm 1980 khi Tiến sĩ Lee Huan đề xuất dự án thành lập trường đại học Tôn Trung Sơn tại vịnh Tây Tự và được chính quyền chấp thuận.
Khi mới thành lập lại, trường có 4 khoa, 2 viện sau đại học với 189 sinh viên theo học. Ngày nay, trường có tổng cộng 6 khoa (Nghệ thuật Tự do, Khoa học, Kỹ thuật, Quản lý, Khoa học Biển và Khoa học Xã hội) với hơn 9500 sinh viên, 18 chuyên ngành đại học, 35 chương trình đào tạo thạc sĩ và 26 chương trình đào tạo tiến sĩ. Đây là một trong những cơ sở nghiên cứu và học tập quan trọng nhất của Đài Loan.
Trường là một quần thể kiến trúc nằm cạnh cảng Cao Hùng, từng là một căn cứ quân sự quan trọng, khuôn viên của trường được bao quanh bởi các dãy núi và hướng ra vùng biển rộng của eo biển Đài Loan. Bãi biển Tây Tự- một trong top 8 điểm tham quan nổi tiếng tại Cao Hùng, nằm ngay trong khuôn viên của trường. Bên cạnh các tòa nhà lớn được xây dựng theo phong cách truyền thống, trường còn có một khu nghỉ mát dọc theo bờ biển, một sân vận động lớn được xây dựng bằng phương pháp cải tạo đất, đường hầm Tây Tự và một số địa điểm lịch sử còn sót lại từ thời thuộc địa Nhật Bản.
Tuy không quá xa trung tâm thành phố Cao Hùng nhưng nơi đây thật sự cách biệt với nhịp sống nhộn nhịp và hối hả của thành phố. Chỉ có bốn con đường chính kết nổi trường đại học với thành phố Cao Hùng, tất cả các ngõ hẻm đều tựa vào núi và biển, có thể nói đây là một địa hình đầy thử thách nhưng phong cảnh thì cực kỳ thơ mộng. Giáo viên và sinh viên của trường được học tập và làm việc trong môi trường tự nhiên thoáng đãng với hệ động thực vật phong phú, thỉnh thoảng bạn sẽ bắt gặp loài lớn khỉ đá Formosan, vẹt đuôi dài, sóc Pallas, và hoẵng Reeves… Ngoài ra, vùng biển Tây Tự là nơi sinh sống của loài san hô có nguy cơ tuyệt chủng Polycyanthus chiashanensis, chỉ còn lại khoảng 50 loài. Trương thường xuyên tổ chức các hoạt động thể thao dưới nước trong khuôn viên trường và các sinh viên yêu cầu phải có bằng tốt nghiệp môn bơi lội. Trường liên kết với Đại học California, San Diego, một trường đại học cũng nằm cạnh bờ biển thơ mộng.
Đến đây, bạn sẽ có dịp khám phá nét kiến trúc độc đáo của trường, hòa mình vào một khung cảnh thiên nhiên yên bình với mây trời, núi non hùng vĩ và biển cả bao la. Từ trung tâm thành phố Cao Hùng, bạn có thể bắt xe buýt số 99 và O1 hoặc tàu điện ngầm Orange Line. Bạn sẽ được trải nghiệm đi qua đường hầm xuyên núi Tây Tự, được xây dựng từ năm 1927 đến năm 1933. Sau đó tản bộ dọc bờ biển và ghé tham quan, check-in tại ngôi trường đại học danh giá của xứ Đài.