Bảo tàng Tôn Đức Thắng đặt trong ngôi nhà trước đây là tư dinh của Thủ tướng chế độ Việt Nam cộng hòa. Sau năm 1975, ngôi nhà được chính quyền cách mạng tiếp quản, sử dụng làm Nhà khách của Bộ Quốc phòng. Đến năm 1988, nhân kỷ niệm 100 năm ngày sinh Chủ tịch Tôn Đức Thắng ngôi nhà được chỉnh trang, cải tạo thành “Nhà trưng bày về cuộc đời và sự nghiệp Chủ tịch Tôn Đức Thắng”.

Hơn 30 năm hoạt động, Bảo tàng Tôn Đức Thắng đã thực sự trở thành một địa chỉ văn hóa cho Nhân dân cả nước và bạn bè quốc tế tìm hiểu về cuộc đời và sự nghiệp hoạt động cách mạng của Chủ tịch Tôn Đức Thắng. Năm 2012, Bảo tàng Tôn Đức Thắng đã vinh dự đón nhận Huân chương Lao động hạng II. Đây là phần thưởng cao quý động viên đội ngũ viên chức, người lao động thuộc đơn vị phấn đấu hơn nữa trong việc gìn giữ và phát huy di sản văn hóa Chủ tịch Tôn Đức Thắng.

Bảo tàng Tôn Đức Thắng là đơn vị sự nghiệp trực thuộc Sở Văn hóa và Thể thao Thành phố Hồ Chí Minh, được thành lập theo Quyết định số 86/QĐ-UB ngày 18 tháng 5 năm 1988 của Ủy ban nhân Thành phố Hồ Chí Minh, với tên gọi ban đầu là “Nhà trưng bày cuộc đời và sự nghiệp Chủ tịch Tôn Đức Thắng”. Trụ sở đặt tại số 5 đường Tôn Đức Thắng, phường Bến Nghé, Quận 1, Thành phố Hồ Chí Minh. Sau đó, chính thức được đổi tên thành Bảo tàng Tôn Đức Thắng theo Quyết định số 894/QĐ ngày 13 tháng 8 năm 1990 của Bộ trưởng Bộ Văn hóa - Thông tin (nay là Bộ Văn hóa, Thể thao và Du lịch).

Bảo tàng Tôn Đức Thắng là đơn vị sự nghiệp công lập trực thuộc Sở Văn hóa và Thể thao Thành phố Hồ Chí Minh, có chức năng nghiên cứu, sưu tầm, kiểm kê, bảo quản, trưng bày, giới thiệu các tư liệu, hiện vật liên quan đến cuộc đời và sự nghiệp của Chủ tịch Tôn Đức Thắng, tình cảm Nhân dân trong nước và quốc tế đối với Người nhằm phát huy các giá trị di sản văn hóa, giáo dục truyền thống cách mạng, tinh thần yêu nước theo gương Chủ tịch Tôn Đức Thắng.